이로 인해 소상공인 등 중소업체들은 가뜩이나 어려운 경영환경 속에서 세 부담은 갈수록 무거워져 경영난이 심화되는 결과가 초래돼 정부의 골목상권보호 및 중소기업육성정책이 무색해지지고 있다.

국세청이 국회 기획재정위원회의 홍종학·최재성·오제세 의원 등에 10일 제출한 자료에 따르면 지난해 국세청의 세무조사 건수는 모두 1만7033건으로 지난 2010년 1만8156건에 비해 1000건 이상 줄었다. 경기활성화를 위한 세무조사유예와 세금부과의 과학화 등에 따른 것이다.

하지만 추징세액과 자영업자에 대한 세무조사는 대폭 늘었다. 지난해 세무조사를 실시해 부과한 세액은 모두 8조2972억 원으로 2010년 5조1324억 원에 비해 3조 원 이상 증가했다. 홍종학 의원은 "세무조사 건당 부과액은 4억8700만 원으로 지난 2010년 2억8300만 원에 비하면 70% 이상 늘어났다"고 밝혔다. 국세청 세무조사를 받은 자영업자의 입장에서는 세부담이 일시에 대폭 늘어나는 ‘세금폭탄’을 맞은 격이다.

추징세액이 이같이 대폭 늘어난 것은 국세청이 세수부족을 메우기 위해 대기업보다는 영세자영업자나 중소기업에 대한 세무조사를 강화한 것이 주요원인으로 풀이된다. 지난해 세무조사를 받은 개인사업자 가운데 연 매출 1억 원 이하 자영업자는 575명으로 2010년에 188명에 비해 무려 3배 이상 급증했다.

가뜩이나 내수경기침체 장기화로 울상인 자영업자들은 국세청의 세무조사까지 겹쳐 경영난 심화 속에 악전고투하고 있는 실정이다. 소상공인 단체의 한 관계자는 “상당수 자영업자들이 사실상 극빈자계층에 속한다고 볼 수 있는데 국세청이 세금공세를 강화해오고 있는 것은 사실상 문 닫으라고 재촉하는 것과 다름없다”고 지적했다.

중소기업에 대한 세무조사도 갈수록 잦아지고 있다. 국세청은 작년 한 해 동안 연 매출 500억 원 이하 중소기업 4182곳을 대상으로 세무조사를 실시했다. 이는 2010년 중소기업 세무조사 건수는 3625건에 비해서도 557건(15%)이 늘어난 것이고 전체 세무조조사기업의 77%를 차지하는 수치다.

소상공인들은 국세청이 5년마다 실시하는 정기법인세무조사외에 비정기조사도 대폭 늘리고 있는데 대해서도 불만이 높다. 작년에 국세청의 비정기 세무조사 건수는 개인사업자의 경우 2477건으로 지난 2010년의 1667건에 비하면 520건이나 증가했다. 같은 기간 법인사업자의 경우 비정기 조사도 400건 가까이 늘었다.

특히 특정기업에 대해서는 너무 자주 세무조사를 실시해 표적조사라는 의심을 받고 있다. 최근 7년 동안 17개 기업이 3회 이상 세무조사를 받았고 2회 이상 받은 기업도 2383곳에 달했다.

그 중에서도 포탈기업 '다음카카오'가 주목을 끈다.  '다음 카카오'는 지난 2008년 광우병 사태와 작년 세월호 참사 직후에 이어 올해 메르스 사태 이후에 또 세무조사를 받아 7년동안에 3차례의 세무조사를 받았다.
올해 세무조사는 특수임무를 띠고 세무조사를 벌이는 ‘기동타격대’라는 서울국세청 조사4국이 들이닥쳐 고강도 세무조사를 벌였다는 점에서 표적조사의 성격이 짙었다.

홍 의원은 이는 "노골적인 포털 사이트 길들이기"라고 지적했다. 이어 "대기업 세무조사는 유예해주면서, 몇 년 사이 특정 포탈업체에 대해선 3번씩이나 고강도 세무조사를 벌이고 있다"면서 "이 때문에 정치적 세무조사라는 의혹을 받고 있는 것"이라고 강조했다.