정부가 내년 말까지 2년 간 취득한 아파트를 제외한 소형 신축주택과 비수도권 준공 후 미분양 주택을 양도소득세·종합부동산세 중과 대상에서 빼주기로 했다. 또 장기주택저당차입금 소득공제 요건을 완화하고, 대상 주택가액도 기존의 5억원에서 6억원 이하로 상향했다.

23일 기획재정부는 세제개편 후속 시행령 개정안을 통해 이와 같은 '주택공급 확대 및 건설경기 보완 방안'을 발표했다.

먼저 양도소득세·종합부동산세 배제의 경우, 해당 주택은 지난 10일부터 내년 12월31일까지 신축된 아파트를 제외한 것으로, 전용면적 60㎡이하 소형이 대상이다. 이 중에 수도권 6억원·지방 3억원 이하에 취득한 것이 해당된다. 비수도권 준공 후 미분양 주택의 경우 전용면적 85㎡ 이하, 취득가액은 6억원 이하의 조건을 충족해야 한다.

양도세는 지난 2021년 6월부터 2022년 5월까지 2주택부터 기본세율에 20%포인트, 3주택 이상에는 30%포인트 중과됐으나, 지난 2022년5월부터 오는 5월까지 모두 기본세율을 부담하는 등 한시적으로 배제됐다. 종부세의 경우 1·2주택의 경우 세율 0.5~2.7%, 3주택 이상일 때는 12억원을 기준으로 달리 적용됐고, 그 이하일 때는 0.5~1.0%, 초과할 때는 2.0~5.0%다. 

정정훈 기재부 세제실장은 "최근 국토교통부 민생 토론 과정에서 제기된 비아파트 분야의 수요 공급의 어려움, 지방의 미분양 해소 등의 문제를 해소하기 위한 대책"이라며 "주택 공급과 시장 안정을 지원하기 위해 마련했다"고 설명했다. 

지역균형 발전을 위해 기회발전특구의 세제 지원도 추진돼 기회발전특구 내 사업장을 신설하는 등 창업한 기업에는 세액을 깎아주기로 했다 5년 간 100%, 이후 2년 간 50% 소득·법인세 혜택을 받을 수 있다. 대상은 지역경제 파급효과가 큰 제조업과 정보통신업, 연구개발업 등이다.

또 기회발전특구 부동산을 대체 취득할 때 과세특례도 신설된다. 수도권 내 기업이 부동산을 양도해서 특구로 이전한다면, 수도권 내에서 부동산 양도하며 얻는 차익의 과세를 특구 내에서 부동산을 처분할 때까지 이연할 수 있도록 했다. 기업 본사와 공장, 기업부설연구소, 데이터센터 등 부동산이 해당된다.

기회발전특구 펀드에 10년 이상 투자하면 과세특례가 적용된다. 투자 시 발생하는 이자배당소득 9%를 분리과세가 가능해진다. 투자 대상은 특구 내 부동산사용권과 부동산 개발사업, 사회기반시설사업, 입주기업의 채권주식 등이다. 투자대상 자산 의무투자비율은 60% 이상으로 규정한다.

이와 함께 기회발전특구의 이전 기업 가업상속 공제 요건도 완화된다. 기회발전특구 내 기업의 경우 상속인의 대표이사 취임요건, 업종변경 제한 등이 사라진다. 

제주투자진흥지구의 경우 투자를 활성화하기 위해 입주기업의 세제 감면도 확대된다. 모든 식료품 제조업과 음료 제조업이 세액감면 대상 업종에 추가된다. 이들 기업에 3년간 100%, 이후 2년간 50% 소득·법인세를 감면해 준다.

또 기재부는 장기주택저당차입금 대환을 지원하기 위해 차입자가 신규 차입금으로 즉시 기존 차입금 잔액을 상환하는 경우에도 소득공제를 적용하기로 했다. 

무주택·1주택 근로자는 본인이 차입한 장기주택저당차입금의 이자상환액에 대해 상환기간, 고정금리·비거치식 여부 등 조건에 따라 연 600만~2000만원을 한도로 소득공제를 받을 수 있게 됐다. 

기존에는 금융기관이 신규 차입금으로 기존 차입금 잔액을 직접 상환하는 경우에만 소득공제를 적용해왔지만, 앞으로는 차입자가 신규 차입금으로 즉시 기존 장기주택저당차입금 잔액을 상환하는 경우도 소득공제가 포함된다. 소득공제 대상 주택가액 또한 '5억원 이하'에서 '6억원 이하'로 상향된다. 

정 실장은 "여러 가지 전산시스템이 갖춰져 본인이 잠시 돈을 일시적으로 가졌더라도 대출이 더 확대가 됐는지 아니면 순수하게 갈아타기 수준에서 유지가 됐는지와 그 담보로 잡힌 주택이 기존과 동일한 주택인지 확인이 용이해졌다"며 "행정적으로 가능한 부분에 대해서 굳이 엄격한 요건을 둘 필요가 없다고 판단해 그 부분을 완화하고자 하는 것"이라고 설명했다.